Początki kolegiaty raciborskiej wiążą się ze skutkami wydarzeń, które rozegrały się w końcu XIII wieku na Śląsku, kiedy doszło do gwałtownego konfliktu między księciem wrocławskim Henrykiem IV Probusem a biskupem wrocławskim Tomaszem II, którego wsparli książęta opolscy. W 1288 roku biskup wrocławski, odwdzięczając się swoim sojusznikom za udzieloną pomoc, ale także jako ekspiację za zakończony spór, ufundował przy kaplicy zamkowej w Raciborzu kolegiatę pw. św. Tomasza Kantauryjskiego. Zapewniał jej także podstawy materialnego funkcjonowania, uposażając dziesięcinami ze stołu biskupiego. W latach
ok. 1288—1292 wzniesiono na zamku imponującą gotycką kaplicę, gdzie znalazła siedzibę kapituła kolegiacka. W następnych latach kolegiata raciborska pozostawała pod opieką kolejnych książąt władających Raciborzem: syna Przemysława, Leszka, a później przedstawicieli czeskich Przemyślidów z linii opawskiej, którzy w 1337 roku przejęli księstwo raciborskie — Mikołaja II, a potem jego syna Jana I i wnuka Jana II Żelaznego. Książęta ci czynili kolejne fundacje na rzecz kapituły i jej zamkowej siedziby, zwiększając uposażenie i powołując nowe prebendy. W 1416 roku Jan Żelazny, za zgodą biskupa wrocławskiego Wacława, księcia legnickiego, przeniósł kolegiatę znajdującą się na zamku raciborskim przy kaplicy św. Tomasza Kantauryjskiego do kościoła parafialnego Wniebowzięcia NMP w mieście Raciborzu oraz ustanowił i uposażył tam prebendy dla prepozyta, dziekana, 12 kanoników i tyluż wikariuszy. Powodem przeniesienia było problematyczne usytuowanie kolegiaty przy niewielkiej kaplicy, która w tym czasie była już niewystarczająca w stosunku do rosnących potrzeb, zwłaszcza erygowania nowych prebend. Ponadto kanonicy i wikariusze mieszkający w mieście ze względu na codzienne zamykanie bram miejskiej i zamkowej mieli trudności z punktualnym odprawianiem nabożeństw. Nowe uposażenie kolegiaty raciborskiej składało się z części pochodzącej z czasów jej powołania (koniec XIII wieku) oraz z części ustanowionej na nowo. W 1416 roku książę erygował i uposażył nową kaplicę, natomiast w 1422 roku na nowo uposażył kustodię. Przeniesienie kolegiaty z kaplicy na zamku do miasta, do kościoła parafialnego pw. Wniebowzięcia NMP przez księcia Jana II Żelaznego niewątpliwie przyczyniło się do jej znacznego rozwoju w następnych latach. Kolegiata zyskała bowiem duże wsparcie ze strony władz i mieszczaństwa bogatego Raciborza.