Kościół Mariacki pełnił funkcję kościoła parafialnego w Krakowie już w 1224 roku. Lokacja miasta na prawie magdeburskim została przeprowadzona w 1257 roku, tak aby kościół Mariacki znalazł się w narożniku rynku, dzięki czemu jego miejsce zostało wyeksponowane. Stał się on głównym kościołem dzielnicy mieszczańskiej. Parafia kościoła Mariackiego obejmowała większość lokacyjnego obszaru miasta. Prawdopodobnie już na początku XIV wieku kaplica znana była z troskliwej opieki rady miejskiej w Krakowie. Formalnie prawo patronatu należało do biskupa krakowskiego, ale w praktyce to rada miejska decydowała w sprawach związanych z budową i wyposażeniem gotyckiego kościoła. Już w pierwszej połowie XIV wieku swoją działalność w jego imieniu rozpoczęli specjalni opiekunowie kościelni (vitricus). Budowa nowego kościoła, rozpoczęta pod koniec XIII wieku i kontynuowana (z istotnymi zmianami architektonicznymi) przez cały XIV wiek, była finansowana przez radę miejską i krakowskie mieszczaństwo. Największy wkład w budowę przypisuje się Mikołajowi Wierzynkowi, zwanemu Starszym, który ufundował prezbiterium, stanowiące eksponowaną strefę dla krakowskich rajców. Kościół Mariacki stał się najwybitniejszym kościołem Krakowa, skutecznie konkurując zarówno z katedrą, jak i kościołami w pobliskim Kazimierzu, ufundowanymi przez króla Kazimierza Wielkiego, ze względu na bogaty program architektoniczny. Kościół Mariacki stał się manifestacją roli rady miejskiej w Krakowie i mieszczaństwa. Już w XIV wieku poszczególne rody mieszczańskie fundowały ołtarze i kaplice (np. Wierzynkowie, Kranczowie, Salomonowie, Welkerowie i Trutilowie), a także przedmioty wyposażenia liturgicznego. Dedykacje tych ołtarzy odzwierciedlają bardzo bogaty program religijny. Wewnątrz kościoła znajdował się cmentarz grobowy i organy. Prawdopodobnie w pierwszej połowie XIV wieku powstało bractwo Mariackie, skupiające mieszczan krakowskich. Posiadało ono własną kaplicę i spowiednika. Ponadto w kościele Mariackim znajdowała się kaplica, w której odprawiano ostatnie nabożeństwa dla skazanych na śmierć.