Słowo tajemnica występuje wielokrotnie w tekście encykliki papieża Franciszka i odnosi się do różnych rzeczywistości. Jest ono ściśle skorelowane ze wspólnotą Kościoła, która jest właściwym miejscem uprzystępniania doświadczenia tajemnicy Boga, co dokonuje się w sposób najbardziej wyraźny w sakramentach świętych. Od pojęcia tajemnicy należy odróżnić tajemniczość Boga, która nie zostaje zniwelowana poprzez Objawienie, gdyż to ma charakter praktyczny i wypełnia się w przymierzu Boga z człowiekiem. Każde ludzkie słowo pozostaje ułomne wobec tajemnicy Boga, zatem także orzeczenia teologiczne są jedynie hermeneutycznym elementem toczącej się stale rozmowy dziejów, która przybliża Boga, ale nie potrafi i nigdy nie będzie potrafiła ująć go w swych wyrażeniach.