Procedura recenzowania odbywa się według następujących zasad:

1. Procedurę recenzowania publikacji zgłaszanych do czasopisma Zoophilologica. Polish Journal of Animal Studies dostosowano do zaleceń Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego.
2. Procedura recenzowania dotyczy artykułów naukowych i przeglądowych oraz artykułów recenzyjnych.
3. Procedurze recenzowania nie podlegają sprawozdania, recenzje i noty o książkach. Są one oceniane wewnętrznie przez redaktora tematycznego numeru oraz Kolegium Redakcyjne.
4. Kryteria kwalifikowania lub odrzucenia publikacji i formularz recenzji są podane do publicznej wiadomości na stronie internetowej czasopisma.
5. Informacje o kolejnych etapach procesu recenzowania są przekazywane autorom za pośrednictwem platformy OJS.
6. Zgłaszając tekst do czasopisma, autor deklaruje, że przedstawiany materiał jest rezultatem jego oryginalnych badań, nie był nigdzie dotąd publikowany ani w części, ani w całości, i nie został zgłoszony do innego czasopisma.
7. Po wpłynięciu tekstu redaktor naukowy danego numeru czasopisma potwierdza jego otrzymanie (co nie jest tożsame z przyjęciem do druku), a następnie wraz z Kolegium Redakcyjnym wstępnie ocenia, czy artykuł spełnia kryteria kwalifikowania tekstu do publikacji, tzn. odpowiada profilowy czasopisma, został przygotowany zgodnie z zasadami rzetelności naukowej, bezstronności i etyki, dążenia do podnoszenia standardów naukowych i językowych, jest oryginalny oraz spełnia wymagania edytorskie i redakcyjne dotyczące przygotowania bibliografii i przypisów wskazane w wytycznych dla autorów. Wstępna ocena może trwać ok. 6 tygodni.
8. Jeśli tekst nie spełnia ww. kryteriów może zostać na tym etapie odrzucony.
9. W przypadku gdy jeden z redaktorów naukowych danego numeru czasopisma jest autorem tekstu, jego rolę przejmuje inny redaktor (np. drugi/kolejny redaktor danego numeru czasopisma, redaktor naczelny, zastępca redaktora naczelnego bądź redaktor tematyczny).
10. W przypadku gdy jeden z członków Kolegium Redakcyjnego czasopisma jest autorem tekstu, jego rolę przejmuje inny członek ww. Kolegium.
11. Teksty po wstępnym zaopiniowaniu i zaakceptowaniu są anonimizowane i kierowane przez Redakcję do recenzji.
12. Redaktor naukowy danego numeru czasopisma w porozumieniu z redaktorem naczelnym i po zasięgnięciu opinii redaktora tematycznego i redaktora językowego dokonuje wyboru recenzentów z listy recenzentów udostępnionej na stronie internetowej czasopisma. Z uwagi na interdyscyplinarny charakter czasopisma powołuje się w miarę bieżących potrzeb również recenzentów spoza listy, których nazwiska są następnie umieszczane na liście recenzentów. Lista recenzentów czasopisma jest udostępniona na stronie internetowej czasopisma i aktualizowana nie rzadziej niż raz w roku.
13. Do oceny każdego tekstu powołuje się dwóch niezależnych recenzentów spoza jednostki naukowej afiliowanej przez autora tekstu. Recenzent nie może być autorem tekstu w numerze czasopisma, do którego sporządza recenzję.
14. Jeśli potencjalni recenzenci uznają zaproszenie do współpracy jako zgodne z ich wiedzą i kompetencjami oraz nie dostrzegają konfliktu interesów (nie pozostają w relacjach osobistych lub podległości zawodowej z autorem), wówczas mogą je zaakceptować. W przypadku odmowy mogą również sugerować alternatywnych recenzentów. 
15. Procedura recenzowania przebiega z zachowaniem zasad poufności i anonimowości. Autor lub autorzy publikacji i recenzenci nie znają swoich tożsamości (double-blind review process) albo recenzent podpisuje deklarację o niewystępowaniu konfliktu interesów, przy czym za konflikt interesów uznaje się zachodzące między recenzentem a autorem bezpośrednie relacje osobiste (w szczególności pokrewieństwo do drugiego stopnia i związek małżeński), relacje podległości zawodowej lub bezpośrednią współpracę naukową w ciągu ostatnich dwóch lat poprzedzających rok przygotowania recenzji.
16. Redaktor naukowy danego numeru czasopisma wysyła teksty do recenzentów oraz ustala termin sporządzenia przez nich recenzji. Proces recenzowania może trwać ok. dwóch miesięcy. W uzasadnionych przypadkach (np. druga tura recenzji) proces recenzyjny może zostać przedłużony.
17. Recenzje mają formę pisemną, sporządzone są według określonego formularza (formularz recenzji) i zawierają jednoznaczny wniosek recenzenta dotyczący warunków dopuszczenia artykułu do publikacji lub jego odrzucenia.
18. Autor tekstu jest informowany o wyniku recenzji i ma dostęp do istotnych dla niego merytorycznych fragmentów recenzji. Nazwiska recenzentów nie są ujawniane.
19. Kolegium Redakcyjne, na podstawie opinii recenzentów, podejmuje decyzję o przyjęciu tekstu, odrzuceniu bądź odesłaniu autorowi z prośbą o ustosunkowanie się do uwag i wprowadzenie poprawek w wyznaczonym terminie. W tym celu autor wypełnia druk oświadczenie autora. W przypadku tekstów niezawierających ilustracji, należy wypełnić, podpisać i odesłać przez system OJS dwie pierwsze strony; w przypadku tekstów zawierających materiał ilustracyjny, autor zobowiązany jest do wypełnienia również trzeciej strony oświadczenia. Autor oświadcza, że wskazane dzieła są jego dziełami autorskimi, nie naruszają niczyich praw (w tym osobistych, m.in. prawa do dysponowania wizerunkiem) i posiada do nich pełnię praw majątkowych.
20. Jeśli autor nie zgadza się z uwagami recenzenta, również jest zobowiązany do przygotowania pisemnej odpowiedzi na recenzję na ww. druku.
21. W celu zapewnienia autentyczności i oryginalności publikowanych tekstów autor jest zobowiązany do wskazania w oświadczeniu udziału każdej osoby (współautora) w powstaniu tekstu (m.in. informacje o autorstwie koncepcji, założeniach metodycznych i innych danych wykorzystanych w procesie tworzenia publikacji).
22. Jeśli do powstania tekstu przyczyniły się osoby inne niż wymienieni współautorzy, konieczne jest ujawnienie ich nazwisk. Taka transparentność ma na celu zapobieganie nieuczciwości naukowej, w tym zjawiskom takich jak ghostwriting (ukrywanie rzeczywistych twórców tekstu) i guest authorship (nieuzasadnione umieszczanie jako autorów osób, których wkład był minimalny lub żaden).
23. Autor zobowiązany jest do przedstawienia redakcji wszelkich informacji o źródłach finansowania badań przedstawionych w artykule oraz ewentualnym wkładzie instytucji naukowo-badawczych i innych podmiotów (zgodnie z zasadą financial disclosure).
24. W przypadku wykrycia ww. praktyk redakcja informuje o sprawie instytucję, w której afiliowany jest autor, recenzentów oraz osoby poszkodowane. Ponadto redakcja zobowiązuje się wycofać opublikowany tekst.
25. Po ustosunkowaniu się do uwag recenzentów, autor zobowiązany jest przesłać zaktualizowany tekst artykułu oraz poprawnie wypełnione oświadczenie autorskie
26. Tekst wraz z recenzjami i ustosunkowaniem się autora do uwag trafia do ponownej oceny redaktora naukowego numeru i Kolegium Redakcyjnego. Na tym etapie redaktor naukowy i Kolegium Redakcyjne podejmują ostateczną decyzję o publikacji tekstu lub jego odrzuceniu.
27. Jeśli recenzje nie wymagają od autora wprowadzenia poprawek merytorycznych, lecz jedynie sugerują dokonanie niewielkich zmian o charakterze redakcyjnym, redaktor naukowy danego numeru czasopisma przekazuje artykuł do dalszych prac.
28. Tekst przeznaczony do publikacji przechodzi przez proces korekty redakcyjnej i autorskiej, a w uzasadnionych przypadkach także adiustacji. Redakcja ma prawo do wprowadzania skrótów oraz modyfikacji o charakterze redakcyjnym w treści artykułów. Wszystkie teksty podlegają autoryzacji. Autor ponosi odpowiedzialność za finalną wersję swojego tekstu.
29. W przypadku jednej recenzji pozytywnej i jednej negatywnej decyzję ostateczną o skierowaniu tekstu do druku podejmuje Kolegium Redakcyjne czasopisma, które może powołać trzeciego niezależnego recenzenta, by zapoznać się z jego opinią. Jednak teksty, które uzyskały jedną negatywną recenzję, mogą być odrzucone przez Redakcję bez konieczności przeprowadzania drugiej tury recenzji.
30. Tekst, który otrzymał negatywne recenzje i został odrzucony może zostać ponownie zgłoszony do czasopisma po upływie sześciomiesięcznego okresu karencji. W takim przypadku tekst podlega ponownej ocenie, w pierwszej kolejności pod kątem usunięcia przez autora usterek wskazanych w uprzednio negatywnej recenzji.
31. Do druku kierowane mogą być tylko teksty, które otrzymały dwie recenzje pozytywne. Pozytywne konkluzje nie są jednak równoznaczne z przyjęciem tekstu do druku. Decyzję o przyjęciu publikacji do druku podejmuje Kolegium Redakcyjne czasopisma, kierując się najlepszą wiedzą związaną z kształtem i zamysłem numeru, a także z oczekiwanymi wynikami publikacji.
32. Zarówno w przypadku otrzymania dwóch pozytywnych recenzji, będących podstawą do przyjęcia tekstu, jak i w przypadku jednoznacznego odrzucenia tekstu, Kolegium Redakcyjne może podjąć decyzję o nieudostępnianiu recenzji autorowi.
33. Po zakończeniu procedury recenzowania redaktor naukowy danego numeru czasopisma powiadamia autorów tekstów o przyjęciu bądź odrzuceniu artykułu.
34. Nadzór nad przestrzeganiem procedury recenzowania sprawuje redaktor naczelny czasopisma. W przypadku gdy jest on jednocześnie autorem artykułu w danym numerze czasopisma,  jego rolę przejmuje zastępca redaktora lub inny członek Kolegium Redakcyjnego.
35. Decyzja autora o publikacji w czasopiśmie ma charakter fakultatywny, a jej podjęcie jest równoznaczne z przekazaniem tekstu w wersji cyfrowej oraz udzieleniem zgody na umieszczenie pliku z tekstem na stronie internetowej czasopisma.
36. Otrzymane recenzje są przechowywane z zachowaniem poufności przez sekretarza czasopisma.